Sì, è vero, non si finisce mai di imparare; anche se \par, il comando di fine capoverso è dentro un gruppo, il quale è dentro un ambiente, esso viene visto anche da alignat durante l’operazione di parsing, ma in matematica non è consentito nessun fine capoerso; non sapevo che anche dentro una serie di gruppi come questo il comando \par venisse visto, di solito non succede così.
Comuneque nella tua costruzione di questo particolare “diagramma commutativo chimico” la scelta di usare minipage è infelice proprio perché ti obbliga a specificare centering che a sua volta richiede un fine capoverso esplito (non valido in questo caso) o implicito; per giunta \centering è una dichiarazione, non un comando e non vuole argomenti.
Invece se tu avessi usato `\makebok scrivendo \makebox[\widthof{…}]{%\Uparrow$}` avresti sfruttato in modo naturale il fatto che devi scrivere una sola riga, non un capoverso come ti consentirebbe minipage, e che senza specificare nessuna opzione il suo contento è centrato nella larghezza specificata per la scatola creata con \makebox.
Grazie per avermi dato l’occasione di imparare qualcosa.