Grazie a tutti per i consigli, ho risolto per biber.
Ho disinstallato Miktek 2.9 64-bit, ho installa Miktek 2.9 32-bit (che contiene biber) e riavviato.
Adesso non ho più problemi con la compilazione biber: la bibliografia è riapparsa, come anche i numeri delle citazioni al posto delle chiavi. 🙂
Mi dà moltissimi errori però sulle compilazioni pdflatex: moltissimi “undefined control sequence” e “missing number, treated as zero”.
Vi allego il codice del file.
`\documentclass[12pt,a4paper,twoside,openright]{book}
\usepackage[english,italian]{babel}
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage[sorting=none,style=numeric,maxbibnames=99,maxcitenames=1,useprefix,backend=biber]{biblatex}
\usepackage[a4paper,top=3cm,bottom=3cm,inner=3.5cm,outer=3cm,heightrounded,bindingoffset=5mm]{geometry}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm}
\usepackage[output-decimal-marker={,}]{siunitx}
\setcounter{biburlnumpenalty}{100}
\setcounter{biburlucpenalty}{100}
\setcounter{biburllcpenalty}{100}
\usepackage{graphicx}
\graphicspath{{Images/}}
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[onlyinclude]{frontespizio}
\usepackage{wasysym}
\addbibresource{bibliografia.bib}
\begin{document}
\includefront{frontespizio.pdf}
\frontmatter
\include{abstract_d}
\include{abstract_d2}
\include{ringraziamenti}
\tableofcontents
\listoffigures
\mainmatter
\include{capitolo1}
\include{capitolo1ext}
\include{capitolo2}
\include{capitolo3}
\include{conclusioni}
\cleardoublepage
\include{appendici}
\addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
\printbibliography
\end{document}`