Dipende da cosa vuoi fare; in generale, specialmente sulle macchine Windows, sarebbe meglio non attivare lo shell-escape.
Questo si attiva da solo per eseguire un piccola lista di programmi sicuri, come makeindex, bibtex, kpsewhich e pochi altri.
Per esempio, se ti serve fare un indice analitico, basta che tu legga la documentazione di imakeidx e che tu usi quel pacchetto per gestire gli indici analitici (al plurale, perché imakeidx ti permette di creare anche diversi indici analitici contemporaneamente); Lanci pdflate una sola volta e al momento opportuno imkeidx attiva lo shell-escape protetto, compila gli indici analitici, poi ripassa il cotrollo a pdflatex che li compone nel tuo documento.
TeXworks è un ottimo editor, ma non mi pare che abbia nessuna funzione per eseguire compilazioni multiple, che sarebbero necessarie con altri programmi esterni. ma c’è arara: leggi la documentazione di arara (texdoc arara da terminale); vedrai che ti basta mettere in testa la file .tex unico o principale pochi “commenti magici” e poi arara fa tutto quel che ti serve e non hai nessun bisogno di correre rischi di sicurezza con un pdflatex abilitato indiscriminatamente ad eseguire qualunque comando di sistema attraverso lo shell-escape; al limite potreti inavvertitamente piallarti il disco rigido, cancellando tutto quanto 😡 😈