Quello che succede è una caratteristica del comando \only.
Detto in poche parole le cose nascoste di \only non occupano spazio (e quindi latex riposiziona il contenuto della slide in maniera diversa nei vari passaggi). Basta utilizzare un comando di trasparenza diverso per risolvere (documentazione di beamer, capitolo 9)
`\begin{frame}
\frametitle{\textbf{Esempi}}
\begin{columns}
\begin{column}{0.4\textwidth}
\begin{figure}
\visible<1->{\includegraphics[scale=0.1]{1.jpg} \\ }
\vspace{1 cm}
\visible<3->{\includegraphics[scale=0.1]{2.jpg} \\ }
\end{figure}
\end{column}
\begin{column}{0.4\textwidth}
\begin{figure}
\visible<2->{\includegraphics[scale=0.1]{3.png} \\ }
\vspace{1 cm}
\visible<4->{\includegraphics[scale=0.1]{4.png} \\ }
\end{figure}
\end{column}
\end{columns}
\end{frame}`