Come puoi ben immaginare questo non è il forum giusto per chiedere informazioni del perché LyX fa o non fa certe cose. Si è spiegato bene nella guida L’Arte di scrivere con LaTeX perché NON bisogna usare LyX. Non torno su questo punto.
Però visto che sei in grado di esportare il risultato del tuo word processor in formato LaTeX, edita il file .tex togliendo oneside dalle opzioni della classe; se poi dopo averlo tolto, compili direttamente con pdflatex (disponendo solo di LyX potresti avere delle difficoltà. Se non vuoi installare uno shell editor adatto a LaTeX, come per esempio il multipiattaforma TeXstudio, allora apri un terminale o prompt dei comandi o finestra comandi, comunque si chiami con il tuo sistema operativo, scrivici dentro pdflatex seguito dal nome del tuo file .tex (senza specificare l’estensione) e poi premi invio; nel terminale scorreranno molte righe via via che la compilazione si sviluppa, ma non preoccuparti, a meno che non si verifichino degli errori (vedi più avanti), ti si forma il file .pdf che puoi aprire e leggere con il tuo visualizzatore di file pdf.
Se ti vengono segnalati degli errori prova a inserire il codice s nel termilae e poi premi nuovamente invio; la compilazione prosegue anche quando incontra altri errori (spesso gli errori sono peccatucci veniali), poi se gli errori non erano drammatici produce ugualmente il file .pdf; aprilo e leggilo, se trovi qualcosa che non ti piace torna sul file .tex e correggilo.
Naturalmente se usi uno shell editor valido per lavorare con LaTeX, come TeXstudio (ma ce non sono moltissimi altri) lavorare attraverso uno shelle editor come quello è molto comodo; dispone di un visualizzatore interno sincronizzato con il file sorgente, per cui non è difficlie passare dalla finestra di editing alla finestra del documento composto e tornare indietro, epr cui gli errori, anche i semplici refusi, si correggono con facilità. Lavorando con uno shell editor non hai LyX fra i piedi e ogni modifica, ogni macro, ogni personalizzazione che fai è tutta nelle tue mani, e non sei vincolato SOLO a quello che LyX sa fare.
Nota, io sono su un Mac, quindi non uso TeXstudio, anche se ne ho una copia montata anche sulla mia macchina; ti consiglio TeXstudio, perché mi pare che fra quelli più graditi agli utenti TeXstudio sia nei “top five”. Lo scarichi dalla rete cercando al parola TeXstudio e lo installi con pochi click.
PS: il codice che hai allegato al tuo messaggio riguarda la personalizzazione di testatine e piedini e non ha nulla a che vedere con gli inconvenienti che lamenti.