Nella guida tematica sulle codifiche, liberamente scaricabile dalla sezione Documentazione/Guide tematiche di questo sito, c’è scritto tutto quel che serve per la questione delle codifiche; in particolare si mette in luce che l’editing con uno shell editor è un processo totalmente indipendente dalla composizione; quindi caricare inputenc con la specifica di una codifica non funziona se anche l’editor non è configurato per salvare i file con quella stessa codifica.
Alle 23.57 ho caricato toptesi versione 5.84 dove entrambi i miei errori, messi in luce dal tuo esempio sono stati corretti; probabilmente fra un paio di giorni (purtroppo c’è di mezzo la domenica, e forse saranno tre giorni) sarà aggiornabile la propria installazione di TeX Live.