minipage con immagini affiancate e singole didascalie

\captionsetup, come dice il nome serve per impostare lo stile di composizione dellla diascalia, ma non compone la didasclaia; chi la compone e mette la dicitura Figure 3.2 è il comando \caption. Aggiungilo e vedrai che tutto funziona,
D’altra parte \captionsetup non andrebbe specificato per ogni didascalia, am solo dopo ave caricato il pacchetto caption, perché sarebbe ridicolo comporre le didascalia con stili diversi con le didascalie diverse l’una dall’altra.

Ho messo le mani sul tuo codice; in futuro non ti limitare a presentare il codice che non funziona, ma costruisci un esempio minimo compilabile.

L’esempio che ti mando funziona come previsto, ma al posto di logouno e logodue mettici i nomi dei file di due tue figure; possibilmente non mettere l’estensione e se puoi non unsare figure in formato eps; se el vuoi vettoriali usa il formato pdf; in ogni caso pdflatex te le trasforma in formato pdf.
`\documentclass{article}
\usepackage{caption}
\usepackage{graphicx}

\newenvironment{myminipage}[1]{\minipage{#1}
\captionsetup{width=\textwidth, name=Fig., labelfont={it,bf}}
}{\endminipage}

\begin{document}

\begin{figure}[htpb]
\begin{myminipage}{0.40\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{logouno}
\caption[Prima figura]{Prima figura}\label{fig:1}
\end{myminipage}
\hspace{0.2\textwidth}
\begin{myminipage}{0.40\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{logodue}
\caption[Seconda figura]{Seconda figura}\label{fig:2}
\end{myminipage}
\end{figure}

\end{document}`
Nota che il tuo codice con i vari \minipage e \endminipage messi a casaccio non poteva funzionare. Non definire mai un nuovo environment dentro un altro ambiente, per giunta flottante, ma definisci il nuovo ambiente nel preambolo.