La tua versione di MiKTeX 2.9 ha almeno 2 anni; compresa la versione 3.8m di babel, che è del 2008 e ha 7 anni; allora babel gestiva solo 70 lingue (l’italiano è compreso).
È urgente che appena esce TeXLive 2015 (è una questione di un mesetto) tu aggiorni la tua installazione con TeXLive 2015 e disninstalli MikTeX 2.9. TeXLive può essere aggiornato, volendo, ogni giorno, anche se ogni 7-10 giorni va benissimo.
Se leggi il file che mi hai inviato dopo l’elenco delle lingue dice che carica thesis.cls che è del 1996. Ora usa quel che vuoi, ma non usare roba obsoleta che ha quasi 20 anni di età; in informatica 2 anni sono già tanti.
Vedo che hai diversi label `1′ e `2′; ho il sospetto che tu abbia bisogno di chiarirti il meccanismo di \label, \ref, \pageref. Vedi L’Arte di scrivere con LaTeX
Hai pochissimi messaggi di Overful \hbox e presumibilmente sono i titoli che non riesci a dividere mandandoli a capo. Probabilmente è colpa di thesis.cls, ma non essendo un pacchetto standard, è difficile da analizzare (essenzialmente perché non essendo standard, bisogna scaricarlo da chissà dove e non fa parte della distribuzione completa di TeXLive.
Altro non ti so dire, anche se noto che usi pgfplots che ti obbliga a caricare un centinaio di pacchetti (i moduli del pacchetto modulare di pgfplots) che probabilmente non ti servono a niente; carichi anche i font greci; tu non puoi saperlo, perché sei nuovo di LaTeX, ma il modulo per l’italiano caricava i font greci solo per il piacere di avere le virgolette; era una mia ingenuità di molti anni fa e sono diversi anni che non vengono più caricati. certo non è colpa tua, ma ingombrano inutilmente al memoria di pdflatex, il vero programma di composizione. Ma non sono o non dovrebbero essere i responsabili della mancanza di sillabazione dei titoli scritti in lettere maiuscole.
Prova a scriverli normalmente con la sola iniziale del titolo maiuscolo e vedi che cosa succede; ci sono classi che impediscono la sillabazione delle parole scritte tutte in lettere maiuscole.