Il problema è della figurina.
Nel primo caso essa è “centrata”, nel senso che l’asse matematico della figurina (passante per il suo centro) è correttamente collocato all’altezza dell’asse matematico della cella dove essa si trova; la seoconda figurina, invece non è affatto centrato, ma sua linea di base coincide con la linea di base di ciò che sta nella cella e, infatti, è allineato con la base della lettera A della cella adiacente.
La soluzione di \vcenterincludegraphics va bene per oggetti piccoli; se tu rimpiccilissi la figurina mettendo un argomento facoltatiovle per il suo primo argomento, del tipo height=3mm (o anche meno di 3mm) vedresti che il centro della giurina sarebbe all’altezza della barra della A di due celle accanto.
Se vuoi mettere figure di una certa dimensione nella tua tabella dovresti cambiare la definizione di \vcenterincludegraphics aggiungendo dello spazio non eliminabile sopra e sotto quanto includi, una cosa del tipo:`
\newcommand*{\vcenterincludegraphics}[2][]{%
$\vcenter{\vspace*{2mm}\hbox{\includegraphics[#1]{#2}}\vspace*{2mm}}$}`aggiustandole due spaziature come meglio ti conviene, per esempio aumentando di 1mm la spaziatura inferiore.