Non mi è chiaro quale sia il tuo problema.
Il tuo non è un esempio minimo compilabile; hai caricato lipsum, ma i capitoli che incorpori con \input non ci sono; nemmeno la o le bibliografie, quindi anche se ho costruito dei capitoli fasulli, non sono in grado di verificare nulla di particolare, salvo che…
Certo con le testatine ti sei sbizzarrita; passi il titolo del capitolo e della sezione in maiuscoletto e questo è insolito ma può andare; ma il numero di pagina in corsivo grida vendetta; il numero di pagina in maiuscoletto andrebbe sicuramente meglio, così che i numeri romani siano scritti come li avrebbero scritti i romani, non con le lettere minuscole (per i numeri romani) che sono state uno sfizio di origine medievale, perdurante tuttora nei paesi anglosassoni.
Ma il fatto che le pagine iniziali dei capitoli e dell’indice abbiano la testatina dipende probabilmente dal fatto che non hai ridefinito il pagestyle plain, come indicato nella documentazione del pacchetto fancyhdr.
Non saprei indicarti altro, perché non so, e dal tuo esempio non capisco, che cosa volevi fare.