Il primo errore è che hai preso il preambolo da chissà dove, e forse hai aggiunto qualcosa di tuo, senza togliere quello che non ti serve, perché è praticamente impossibile che tu abbia bisogno di tanti pacchetti.
Inoltre, visto che lavori con TeXShop, stai lavoando con un Mac. Quando hai installato MacTeX hai impostato la carta A4 come default; quindi le prime quattro righe (che, scritte cosi, implicherebbero una profonda conoscenza del sistema TeX, che però non hai perché sapresti che) non servono a niente.
Dovresti sapere che epsfig non serve a niente, visto che è dal 2009 che pdflatex gestisce anche le immagini in formato .eps.
Dovresti sapere che, 10pt e titlepage sono di default con la classe book.
Dovresti sapere che il pacchetto inputenc senza una opzione di codifica non serve a niente.
Dovresti sapere che non si deve caricare il pacchetto color dopo il pacchetto xcolor, anzi se carichi il secondo non devi caricare il primo.
Ci sono molte altre cose che dovresti sapere, ma non insisto, non vorrei che ti deprimessi troppo. Ma non farlo, perché da novizi ci siamo passati tutti.
Comincia col correggere gli errori che ti ho segnalato, poi commenta via via le righe con \usepackage, una alla volta; se NON caricando quel pacchetto, la compilazione va a buon fine, vuol dire che quel pacchetto non serva a niente. Vedrai che il tuo preambolo si accorcia alla metà.
Prosegui leggendo la documentazione di chapterbib e il significato delle sue opzioni; dal listato che hai allegato al tuo messaggio non sembra che tu stampi unesuna bibliografia, probabilmente perché il comando che hai usato è in fondo a ciascuno dei capitoli che immetti con \input, e questa è una ragione in più per non poter sapere che errore fai.
Quello che dovresti sapere è che se non mostri un esempio minimo compilabile, nessuno ti può dire dove sbagli.
Un esempio minimo compilabile è un esempio di file .bib (bastano due riferimenti, uno da citare nel primo capitolo e uno da citare nel secondo) allegato al main file del tuo documento mediante il suo inserimento dentro un ambiente filecontents*, e senza mettere nessun input dei tuoi capitoli, ma solo dei semplici \chapter{} con il solo comando \cite e il comando di chapterbib per stampare la biblio. Se dopo aver predisposto questo semplice esempio minimale (mettiti in una cartella di servizio, in modo da non sporcare la cartella del tuo documento) entrambi i capitoli hanno la bibliografia contenente entrambi i testi, vuol dire che quello che hai è davvero un esempio minimo compilabile che riproduce il tuo problema; se invece funziona correttamente, hai trovato anche il tuo errore, nel senso che i tuoi capitoli veri non sono fatti come quelli finti dell’esempio minimo compilabile.