Checco, per la bibliografia, oltre a mettere tutto quello che hai messo, devi anche fare andare il programma biber secondo al solita sequenza di compilazioni:
1) pdflatex
2) biber
3) pdflatex
4) pdflatex
5) talvolta ancora una volta pdflatex.
Per [tt]\hyphenation{a-gen-tiz-za-zio-ne}[/tt] devo dirti che non l’hai messo al posto giusto e che comunque non serve a niente.
Il suo posto giusto è dopo che è in vigure al lingua italiana; quindi o lo metti dopo \begin{document}, oppure dopo la chiamata a babel con l’opzione italian, ma dopo avr dato il comando \selectlanguage{italian}. Messo dove l’hai messo, aggiunge la silabazione di agentizzazione alle regole per l’inglese, che in mancanza di altre precisazioni è la lingua di default.
Non serve a niente, perché l’algoritmo di sillabazione per l’italiano già dividerebbe di sui quella prola nel modo che hai specificato, ma comunque le impostazioni di babel per l’italiano richiedo che prima della prima possibile cesura ci siano almeno 2 caratteri, e dopo l’ultima possibile cesura ci siano ancora almeno due caratteri; tutto ciò è spiegato sia nella documentazione generica di babel sia in quella specifica per l’italiano che leggi da terminale dando il comando texdoc babel-italian.
Infine ho le netta sensazione che tu non abbia letto niente a proposito di come fa pdflatex a mettere le informazioni giuste nelle testatine e che cosa fa fancyhdr per personalizzare quel comportamento. Quasi tutto quello che hai scritto con i comandi di fancyhhdr è sbagliato; ti suggerisco di rieleggere la documentazione di fancyhdr, dando da terminale il comando texdoc fancyhdr.
Infine un consiglio non richiesto che ti prego di accettare senza avertene a male: leggi la documentazione.
Qui, nella sezione Documentazione di questo forum, ce n’è a iosa; inoltre se disponi dell’installazione TeXLive (forse anche se disponi di MiKTeX), basta sempre aprire un terminale e scriverci dentro il comando texdoc seguito dal nome del pacchetto o della classe di cui vuoi leggere la documentazione, e ne disponi subito, quasi sempre in inglese, scritta dagli autori dei singoli pacchetti, quindi documentazione di prima mano. Non caricare mai un pacchetto senza sapere nel dettaglio a che cosa serve, che cosa fa e se ha delle controindicazioni/incompatibilità/idiosincrasie con altri pacchetti.