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Il tuo preambolo presenta alcuni elementi tiici da chi lo prende fatto da altri senza sapere che cosa quanto inserito nel preamblo fa o non fa. La tua mancata numerazione delle figure dipende dalla presenza della riga`\captionsetup{labelformat=empty, textfont=sl}`che appunto indica che il “label” della didascacalia deve essere “empty”.
La documentazione del pacchetto caption spiega che il “label” della didascalia è appunto il nome Figura seguito dal numero; a questo label segue la didascalia vera e propria.
Non è l’unico errore che compare nel preambolo: le prime 4 righe sono un filino errate anche se non producono danni apparenti; in realta le prime due righe dicono che \pdfpagewidth deve essere uguale a \paperwidth; analogamente la seconda coppia. Ora, visto che probabilmente ti sei installato il sistema TeX (TexLive o MiKTeX) specificando il formato di default della carta come il formato A4, sono del tutto superflue, come è superflua l’indicazione a4paper fra le opzioni della classe.
Questa a sua volta contiene anche le opzioni twoside e openright, la secondo delle quali è valida solo per le classi book e report, perché impone che i capitoli siano iniziati sulle pagine dispari (di destra), salvo che l classe article non dispone di comandi per creare capitoli. Ne consegue che anche twoside non è inutile, ma è tipicamante una cosa per la classe report, mentrresi tratta di una impostazione di default per la classe book.
Non entro nel merito di tutti i pacchetti che carichi, salvo che carichi il pacchetto xcolor e il pacchetto color; o l’uno o l’alyto, non entrambi. Sono praticamente certo che non userai mai le funzionalità di tutti quei pacchetti; perciò carica solo quelli che ti servono, via via che ne senti il bisogno, e sapendo esattamente pregi e difetti e i pericoli di conflitto di alcuni con alcuni altri.
Ho il sospetto che tu non ti sia scritto il preambolo da solo, ma che tu te te lo sia fatto dare da altri. Non fare mai questo errore. Per evitare di farne, leggiti qualche guida per neofiti; ce ne sono diverse nella sezione Documentazione di questo sito. Inoltre prendi l’abitodine di leggere la documentazione dei singoli pacchetti (apri un terminale o console o xtermo o prompt dei comandi, comunque si chiami con il tuo sistema operativo, scrivici dentro il comando texdoc seguito dal nome del pacchetto e manda in esecuzione il comando premendo il tasto “Invio”; ti si pare una finistra nella quale puoi leggere la documentazione del pacchetto che hai specificato; per esempio: texdoc caption).
Quando ti appaiono punti interrogativi, ricordati che la compilazione di LaTeX è asincrona (è spiegato nelle guide) quindi hai bisogno di almeno due compilazioni affinché ti compaiano i numeri al posto dei punti interrogativi.