Santo cielo!
Come neofita ti sei messo nei guai da solo copiando un preambolo altrui pieno di errori.
1) controlla di non invocare gli stessi pacchetti due volte.
2) non caricare latexsym se hai caricato amssymb
3) non caricare pacchetti inutli come epstopdf che viene invocato in automatico da graphics
4) non specificare le graphics extentions, ripetendo tale e quale una versione ridotta della lista di default la quale prevede anche il formato .eps
5 Nelle figure dentro gli ambienti figure non usare mai \placefig, oppure ridefinisci \placefig in modo da NON usare l’ambiente center che inserisce spazio in più che ti può rendere difficile (comunque brutto) l’inserimento di figure grandicelle.
6) sposta le conclusioni dopo \backmatter curando che conclusioni.tex NON contenga \chapter*; se c’è l’asterisco toglilo. Togli anche \addcontentsline
7) se usi classi non standard, come PhDThesis_Udine.cls, dì almeno dove la si può trovare in rete,altrimenti che legge il tuo preambolo può avere, ed ha difficoltà a capire certe cose e comunque non le può replcare
8 ) non usare multirow; è cattiva tipografia il 99% delle volte
9) usa xcolor invece di color; leggine la documentazione
10) NON usare placeins e gestisci gli oggetti mobili tu stesso con il tuo giudizio; quel pacchetto dà più fastidi che vantaggi.
11) se carichi il pacchetto float, non usarne il codice di posizionamento H; carica float solo se definisci altri oggetti mobili oltre figure e tabel, ma non per usare H
12) non usare setspace; è cattiva tipografia
13) non so perché ti piaccia di più che le didascalie siano etichettate con Fig. invece che con Figura; è cattiva tipografia. Lo stesso per Tab. invece che Tabella.
14) a che cosa serve il pacchetto mcode? non è un pacchetto standard.