Innanzitutto, IIRC, è possibile inserire solo una caption per oggetto flottante (ovvero, una sola caption per ogni sidewaystable che usi); se ti interessa commentare le singole tabelle, utilizza il pacchetto subfloat per assegnare una ‘sottocaption’ alle tabelle e commentale all’interno dell’unica didascalia dell’oggetto flottante.
Inoltre, la didascalia per le tabelle è da inserire normalmente prima della tabella stessa; è sufficiente spostare \caption e il suo contenuto prima di \begin{tabular}. Un ulteriore consiglio: leva quelle bruttissime linee verticali dalla tabella (per saperne di più, leggi la prima parte della documentazione del pacchetto booktabs).
Venendo al tuo problema, separa le singole tabelle con una riga vuota oppure con uno spazio verticale esplicito:`…
\end{tabular}
\begin{tabular}{*{11}{r}}
…
\end{tabular}
\par\noindent\vspace*{1ex}
\begin{tabular}{*{11}{r}}
…`
Ciao.