quello che provoca il mio problema con le note è l’ambiente shared del pacchetto di cui si è parlato in questo topic http://www.guit.sssup.it/phpbb/viewtopic.php?t=597…
Infatti ho provato a togliere shared e tutto va.
Anche se la nota a piè di pagina è decisamente inappropriata, ti basta usare il pacchetto footnote:`\documentclass{article}
\usepackage{color, framed}
% Notare le aggiunte.
\usepackage{footnote}
\makesavenoteenv{shaded}
\begin{document}
\definecolor{shadecolor}{gray}{0.9}
\begin{shaded}
ciao\footnote{Nota a pi\`e di pagina}
\end{shaded}
\definecolor{shadecolor}{rgb}{1, 0, 0}
\begin{shaded}
ciao\footnote{Nota a pi\`e di pagina}
\end{shaded}
\end{document}`
Da notare che spesso e volentieri fa a cazzotti con hyperref e non si può usare in combinazione con altri pacchetti che manipolino le note (esempio classico: footmisc).