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Siccome sei nuovo in questo forum, mi permetto di segnalarti la sezione Documentazione, dove sono resenti in italiano alcune guide generali e diverse guide tematiche. Una di queste è la traduzione italiana commentata della guida inglese di LaTeX predisposta dal suo creatore: The LaTeX Rference Manual commentato. Siccome la guida originale risale al 1994, i commenti non solo aggiungono qualcosa a quanto scritto da Lamport, ma aggiungono quelle informazioni che la dovizia di pacchetti utili hanno aggiunto allinguaggio LATeX originale.
Nel tuo caso Nel §1.7.5, specificatamente nella pagina 77 c’è la risposta al tuo quesito.
Ma in particolare non devi usare il comando \the equation, che non è definito, ma:
a) devi staccare i contatore delle equazioni dal contatore dei capitoli;
b) devi collegare il contatore delle equazioni al contatore delle sezioni
c} devi inserire un \label{equ:etichetta} alle equazioni a cui vuoi fare riferimento;
d) devi usare \ref{equ:etichetta} per citarne il numero.
Va da sé che le “etichette” delle equazioni devono essere diversi da un’equazione all’altra; cioè devono essere univoci. Ti consiglio di usare per le etichette delle stringhe letterali che descrivano il significato dell’equazione, senza usare numeri. No scrivere \label{equ:1} che non ti ricorda niente, ma, per esempio, per l’equazione di Pitagora, scrivi \label{equ:Pitagora}.
Infine ricorda: LaTeX non assomiglia a nessun word processor, quali sono MS Word, OpwnOffice o Libre Office Writer, Mac Pages, e tanti altri word processor disponibili per tutte le piattaforme e sistemi operativi. LaTeX non è una macchina da scrivere intelligente, ma è un programma di composizione tipografica.