Il mio sospetto è che dipenda da hyperref.
Confermo: è hyperref. Considera questo file (le parole non hanno senso, servono solo per avere una riga “troppo piena”; ho aggiunto parole e lettere quasi a caso):
`\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[italian]{babel}
%\RequirePackage[pdftex,hyperfootnotes=false,pdfpagelabels,pagebackref]{hyperref}\pdfcompresslevel=9
\pdfadjustspacing=1
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
questo paragrafo deve essere abbastanza lungo
deve essere abbastanza lungo
questo paragrafo deve essere abbastanza lungo
per essere giustificato alla finale prima che scriva una equazione
niiche dovrebbe non essere separata dai una riga
\begin{equation}
x=y
\end{equation}
e poi vediamo che succede.
\end{document}`
Se togli il commento alla riga che chiede hyperref, avrai il comportamento che ti turba.
Ciao
Enrico