Dato che mi hai tirato in ballo, ti rispondo in base alla mia esperienza di utente. Questi programmi non fanno altro che offrire una interfaccia grafica per gestire il file di testo .bib. In particolare per ogni voce della tua bibliografia ti forniscono una maschera con i vari campi da riempire e poi ti scrivono il codice BiBTeX nel file .bib.
Personalmente sono entusiasta di JabRef. Per vedere cosa fa puoi provarlo (non va nemmeno installato) oppure guardare gli screenshots. Una funzione che uso frequentemente è l’importazione automatica delle voci. Molti siti di riviste permettono di salvare le informazioni di un articolo nel formato del pessimo Endnote; JabRef legge quel formato quindi non c’è bisogno di scrivere nessun campo a mano. Altre funzioni utili di JabRef sono il link al PDF dell’articolo a cui ci si riferisce e la rinominazione automatica delle chiavi delle voci. JabRef permette anche di intervenire direttamente sul codice (file di testo) BiBTeX.