Ciao, innanzitutto complimenti per aver usato la funzione “cerca” del forum e… per aver scelto ClassicThesis. 😉
Naturalmente, inserire un’immagine non dovrebbe avere alcun effetto sulla numerazione dell’indice e sui riferimenti. Io comincerei a cancellare tutti i file “ausiliari” (.aux, .toc) e a ricompilare (due volte!) tutto ex novo. (Magari si è corrotto qualche file.)
Se anche così il problema persiste, il mantra è sempre lo stesso: documento minimale, documento minimale, documento minimale: togli, un passo alla volta, tutto quello che puoi, finché il problema scompare. Quando sei arrivato ad avere un documento minimale che riproduce il problema, posta quello. Il più delle volte, è un metodo che ti permette di arrivare da solo alla soluzione.
L.