::
Per prima cosa usa subfig, che subfigure è obsoleto.
E inserisci i psfrag dentro i subfloat:
`
\begin{figure}
\subfloat[prima]{\psfrag{q1}{$q_1$}\includegraphics[width=.45\linewidth]{…}}%
\hfill
\subfloat[seconda]{\includegraphics[width=.45\linewidth]{…}}
\end{figure}`
Ciao
Andrea
