Grazie Lorenzo per la tua risposta. Mi ha fatto riflettere e sono arrivato alla conclusione. Ho risolto e metto a disposizione di tutti la soluzione che, forse, non dipende da classicthesis. Avevo, nel peambolo, con il pacchetto \usepackage{enumerate} un nuovo ambiente e, siccome mi serviva che l’indice partisse dal numero zero, avevo inserito il comando così:
\newenvironment{miocont}
{\begin{enumerate}[\upshape \quad 0)]}
{\end{enumerate}}
Questo fatto, probabilmente non è contemplato, visto che appena ho fatto questa correzione:
\newenvironment{miocont}
{\begin{enumerate}[\upshape \quad 1)]}
{\end{enumerate}}
il tutto si è risolto.
Sarebbe bello risolvere il problema del contatore numerico da zero, visto che per molti matematici zero è un numero, ma sono assolutamente inesperto di latex, di tex ecc… per provarci.
Grazie.
Francesco Lioi