io consiglio colortbl. Comunque il problema è multirow. In questo caso è meglio usare multirow con un parametro negativo.
Esempio:
`\begin{table}[htbp]
\centering
\rowcolors{3}{white}{gray!50}
\begin{tabular}{|c|c *{4}{|cc}|}
\hline
& & \multicolumn{2}{c|}{\textbf{SVM (C-SVC)}} &
\multicolumn{2}{c|}{\textbf{TSVM$^{light}$}} &
\multicolumn{2}{c|}{\textbf{UniverSVM}} & \multicolumn{2}{c|}{\textbf{1-class SVM}} \\
\cline{3-10}
& \multirow{-2}{*}{\textbf{Codifica}}& \textit{TPR} & \textit{FPR} & \textit{TPR} & \textit{FPR} & \textit{TPR} & \textit{FPR} & \textit{TPR} &
\textit{FPR} \\
\hline
& Wavelet & 0.325 & 0.006 & 0.665 & 0.043 & 0.670 & 0.026 & 0.650 & 0.893\\
%D2 & Wavelet & 0.325 & 0.006 & 0.665 & 0.043 & 0.670 & 0.026 & 0.650 & 0.893\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D2}& Ranklet & 0.510 & 0.003 & 0.770 & 0.016 & 0.675 & 0.013 & 0.545 & 0.628\\
\hline
& Wavelet & 0.760 & 0.053 & 0.945 & 0.180 & 0.925 & 0.120 & 0.620 & 0.844\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D3}& Ranklet & 0.835 & 0.041 & 0.955 & 0.178 & 0.910 & 0.111 & 0.835 & 0.744\\
\hline
& Wavelet & 0.825 & 0.100 & 0.985 & 0.376 & 0.960 & 0.250 & 0.585 & 0.824\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D4}& Ranklet & 0.910 & 0.094 & 0.985 & 0.379 & 0.950 & 0.244 & 0.835 & 0.744\\
\hline
& Wavelet & 0.790 & 0.061 & 0.945 & 0.180 & 0.930 & 0.123 & 0.625 & 0.863\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D5}& Ranklet & 0.895 & 0.060 & 0.955 & 0.178 & 0.935 & 0.100 & 0.985 & 0.844\\
\hline
& Wavelet & 0.815 & 0.058 & 0.935 & 0.108 & 0.920 & 0.110 & 0.665 & 0.890\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D6}& Ranklet & 0.845 & 0.045 & 0.925 & 0.110 & 0.890 & 0.068 & 0.980 & 0.890\\
\hline
& Wavelet & 0.790 & 0.033 & 0.825 & 0.044 & 0.880 & 0.065 & 0.710 & 0.906\\
\cline{2-10}
\multirow{-2}{*}{D7} & Ranklet & 0.815 & 0.024 & 0.850 & 0.038 & 0.845 & 0.035 & 0.995 & 0.906 \\
\hline
\end{tabular}
\label{tab:prova}
\end{table} `
Attenzione a come usi multicolumn; metti troppe barre verticali |c|…che sono dannose.
Comunque in generale ti consiglio di usare colortbl. Vedi anche questo topic
http://www.guit.sssup.it/phpbb/viewtopic.php?t=2669
Ciao
Andrea