Allora,
il comando graphicspath dà problemi anche a me. Prova questo codice. Come puoi vedere, per risolvere il tuo problema basta mettere \logo{\pgfuseimage{logo}} dopo.
`
\documentclass{beamer}
\usetheme{Warsaw}
\usepackage[english,french,italian]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\setbeamercovered{transparent}
\pgfdeclareimage[width=1cm]{logo}{Figure/MinervaNuova}
\titlegraphic{\pgfuseimage{logo}}
\title[Cavalli da tiro in Italia]{Cavalli da tiro in Italia: situazione attuale e possibile sviluppo per un'agricoltura sostenibile}
\author{Carlo Stemberger}
\institute{Università degli Studi di Milano \\ \url{http://www.unimi.it/} \\ Facoltà di Agraria}
\date{20 febbraio 2008}
\subject{Presentazione per la discussione dell'elaborato finale di laurea}
\begin{document}
\begin{frame}
\titlepage
\end{frame}
\logo{\pgfuseimage{logo}}
\begin{frame}
testo
\end{frame}
\end{document}`
cosi nella prima pagina hai il logo al centro e nelle altre in basso a destra.
Ciao
Andrea