Se non ho capito male, il primo argomento è opzionale e serve ad assegnare il valore, in questo caso Universit\`a di xxx, alla versione corta, la quale può essere usata nella testatina e nel piè della slide mediante il comando. La stessa cosa vale per
`\title[Cavalli da tiro in Italia]{Cavalli da tiro in Italia: situazione attuale e possibile sviluppo per un'agricoltura sostenibile}`
dell’altro esempio. Infatti nel piè della slide compare Cavalli da tiro in Italia e non quello lungo.
Se tu scrivessi \author[Carlo]{Carlo Stemberger}, nel piè non ci sarebbe più Carlo Stemberg ma solo Carlo. In molti stili al posto dell’autore c’è l’istituto, pertanto puoi fare la stessa cosa che hai fatto con \title e \author. Nel tuo caso usare la versione corta di \istitute è pleonastico.
Ciao
Andrea