Sulla larghezza e sulla distanza dell’ambiente shaded dai margini è solo uno splendido effetto ottico. Almeno, ho misurato e non c’è quello che descrivi tu.
Le note dentro un ambiente del genere non funzionano proprio, a parte che non hanno nemmeno tanto senso; io metterei quella nota in un inciso o tra parentesi tonde. Oppure metti
`\footnotetext[1]{Per il calcolo delle matrici $A, \alpha, \beta, \gamma, \delta, \varepsilon$, tutte di dimensione $5 \times 5$, si \`e utilizzato il software opensource \emph{Octave}, Ver. 2.1.73 . Tale software \`e rilasciato sotto GNU/GPL ed \`e disponibile al sito \url{http://www.octave.org}.} `
fuori dall’ambiente shaded.
L’ambiente math lo userei al limite solo nel primo caso. Ti consiglio solo di leggere
http://tug.ctan.org/tex-archive/info/italian/amsldoc/itamsldoc.pdf
e di usare gli ambienti che trovi in questa guida.
Ciao
Andrea