I bad boxes segnalano semplicemente che c’è un problema. Il problema è quello evidenziato da Lorenzo, ovvero gli URL sono troppo lunghi e non ci stanno su una riga, per cui LaTeX spezza dove può e segnala che la riga è terminata prematuramente (Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph etc.).
Dal codice che hai postato, non capisco se vuoi avere i due URL su due righe separate. Se è così, il codice funziona solo per caso, cioè perché gli URL che hai usato nel documento reale sono lunghi. Se compili il codice di esempio, vedrai che gli URL se ne stanno su una sola riga. Per averli su due righe:
`
@misc {randomGenerator,
NOTE = {Tutorial \\
\url{http://www.index1.html}\\
\url{http://www.index2.html} }
}
`
Ma anche così il secondo URL (intendo quello del tuo documento reale) potrebbe generare un Underfull \hbox, per i motivi detti in precedenza. Una possibile soluzione è quella di usare nel premabolo il comando
`\Urlmuskip X mu plus Y mu minus Z mu`
che gestisce la spaziatura intorno ai caratteri speciali (quelli dove è possibile spezzare l’URL). X è lo spazio inserito, Y è l’allungamento e Z l’accorciamento (0,1 e 1 rispettivamente dovrebbero essere buoni valori, ma dipende, alla fine, dal gusto personale).
Naturalmente deve essere caricato il pacchetto url, ma lo dò per scontato, visto che usi `\url`.
Ciao,
Max.