Ho provato il tuo codice, aggiungendo dopo il preambolo
`\begin{document}
\begin{frame}
\tableofcontents
\end{frame}
\section{Sezione}
\subsection{SottoSezione}
\begin{frame}
Prova
\end{frame}
\end{document}`
E ottengo ciò che voglio. Può darsi che tu hai inserito delle parti… e per quel motivo lui fa l’indice che non ti aspetti (probabilmente ti lascia scuro solo la sezione in cui sei, e chiare le altre).
In quel caso devi usare:
`\begin{frame}
\tableofcontents[part=N]
\end{frame}`
Dove N è il numero della parte che ti interessa.
Spero di essere di aiuto e di non creare confusione.
P.s.
Da quanto mi pare di aver capito, il pacchetto pgf viene caricato automaticamente da beamer, e tutti gli altri di:
`\usepackage{pgf,pgfarrows,pgfnodes,pgfautomata,pgfheaps,pgfshade}`
sono obsoleti e “sostituiti” da PGF. Ti consiglio anche quindi di aggiornare un po’ i pacchetti che hai sul pc e togliere quella riga.
Buona serata a tutti