Dell’istallazione di MikTex non so niente comunque andando a creare una cartella nuova nell’albero dell’installazione di MikTex dovresti “aggiornare” il tuo albero cioè far capire al compilatore (MikTex) che tu hai creato una nuova directory e che quindi lui può andare a cercare anche li quando compila, ma questo purtroppo in windows non so come si faccia.
Il fatto che non ti crei più la bibliografia è legato al fatto che tu hai, si creato un nuovo file di stile, ma non hai detto a MikTex dove può andare a cercarlo e quindi a utilizzarlo e questo si ricollega al discorso di prima di andare ad aggiornare l’albero d’installazione.
Come soluzione spiccia metti il file di stile modificato della bibliografia nella stessa cartella in cui compili e ri-prova a compilare.
Ciao Alberto