Faccio un riassunto perchè io non sto capendo più nulla in questo thread; le possibili strade sono due:
1) Compilare con latex includendo le immagini eps
2) Compilare con pdflatex includendo immagini in formato jpeg e pdf
Se vuoi seguire la prima strada devi convertire tutte le immagini in eps; per la conversione jpg -> eps puoi usare il metodo suggerito da fabusdra, oppure fare la conversione tramite un programma di grafica che permetta di effettuare questa operazione.
Se vuoi seguire la seconda strada, devi convertire le immagini eps in pdf, ad esempio con il comando
`
epstopdf figura.eps
`
(ora sono sotto linux, ma esiste un comando simile anche sotto Windows).
Se lasci nella stessa cartella una copia dell’immagine in eps e una copia in jpg o pdf, e se segui quello che ha suggerito e.vavassori puoi compilare sia con latex sia con pdflatex senza dover modificare il sorgente del documento.