Se vuoi usare pdfLaTeX (e questa è la scelta migliore) devi inserire immagini in formato .jpg, .png o .pdf. Se hai immagini .eps (o .ps) ti consiglio di convertirle in .pdf, a meno che tu non voglia poter compilare anche con LaTeX.
Poi includi la tua immagine (esempio.pdf) col comando
`\includegraphics{esempio}`
senza estensione, e compila con pdfLaTeX. Se qualcosa non funziona manda un esempio minimale di un file che non riesci a compilare.
Per quanto riguarda il bounding box non riesco a capire il problema. Se l’immagine va in una pagina vuota non è detto che ciò sia dovuto al bounding box. A volte le immagini cadono su una pagina vuota perché non c’è del testo che le segue (semplificando brutalmente). Se hai un’mmagine .ps o eps. inserita in una pagina a4 e vuoi ritagliarla puoi usare ghostview. La cosa migliore, comunque, è produrre direttamente con Matlab un’immagine .pdf già ritagliata.
Ciao
Ivan