C’è una ragione a tutto…
Nell’ambiete minipage non si possono inserire oggetti flottanti quali sono le figure e le tabelle (almeno che io sappia). Ho modificato il tuo codice per ottenere quello che desideri. Confrontandolo con il tuo dovresti capire il problema:
`\begin{table}
\centering
\begin{minipage}[c]{.49\textwidth}
\centering
\begin{tabular}{rcl}
\toprule
RQ1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\bottomrule
\end{tabular}
\caption{frequenze centrali.}
\end{minipage}
\begin{minipage}[c]{.49\textwidth}
\centering
\begin{tabular}{rcl}
\toprule
RQ1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\midrule
R1 & $xxx\Omega$ & $20$ \\
\bottomrule
\end{tabular}
\caption{fattore di qualità.}
\end{minipage}
\end{table}`
Come puoi notare ho anche eliminato quel \setlength{\captionmargin}{0pt} e ho allargato la minipage. Inoltre userei l’iniziale maiuscola nella didascalia.
Ciao
Ivan