Ciao rm_84,
Benvenuto. Ti faccio prima un paio di commenti riguardo alle tue scelte.
Innanzitutto, LyX non è TeX o LaTeX, quindi hai sicuramente sbagliato a scegliere il forum in cui postare per chiedere aiuto.
Aggiungerei che LyX e LaTeX sono talmente diversi da poter essere considerate due entità separate. Qui ci sono molti esperti di LaTeX, ma non so quanti ti potrebbero aiutare con LyX.
Venendo al tuo problema; hai scelto molto bene la tua distro, Ubuntu è una delle distribuzioni più semplici dal punto di vista dell’utilizzo da parte di un utente finale. Esiste un pacchetto .deb per Ubuntu Hardy Heron già contenente LyX e tutto quanto ti serva e risolveresti il tuo problema lanciando`sudo apt-get install lyx`
Perché hai deciso di ricompilarti LyX a mano? Siamo nel 2009, a meno che non ti serva qualche particolare funzionalità che non è inclusa nel pacchetto .deb di Ubuntu, scaricare i sorgenti e compilarli a mano è completamente anacronistico.
Ciao e grazie, a presto,