Immagino che il problema sia la presenza delle parentesi tonde che rimangono anche se si omette il comando \institute{
`\setbeamertemplate{footline}
{%
\leavevmode%
\hbox{%
\begin{beamercolorbox}[wd=.333333\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,center]{author in head/foot}%
\usebeamerfont{author in head/foot}\insertshortauthor~~\insertshortinstitute
\end{beamercolorbox}%
\begin{beamercolorbox}[wd=.333333\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,center]{title in head/foot}%
\usebeamerfont{title in head/foot}\insertshorttitle
\end{beamercolorbox}%
\begin{beamercolorbox}[wd=.333333\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,right]{date in head/foot}%
\usebeamerfont{date in head/foot}\insertshortdate{}\hspace*{2em}
\insertframenumber{} / \inserttotalframenumber\hspace*{2ex}
\end{beamercolorbox}}%
\vskip0pt%
}`
Ho copiato il codice dal file beamerouterthemeinfolines.sty che viene richiamato dal tema CambridgeUS. Le uniche differenze sono nella prima riga: ho messo \setbeamertemplate{footline} al posto di \defbeamertemplate*{footline}{infolines theme}; e nella sesta riga: ho tolto le parentesi tonde attorno al comando \insertshortinstitute. Le informazioni sull’uso di questi comandi si trovano nella documentazione di beamer.
Spero possa essere utile, almeno come inizio.
Ciao
Ivan