Che genere di esempio. Provo a inserire parte del documento, magari c’è qualche conflitto tra i pacchetti e non lo capisco. Scusate ma è un pò lungo.
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\documentclass[dvipdfm, 11pt, oneside, openright, a4paper]{book}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{color}
\usepackage{epsfig}
\usepackage{mathrsfs}
%bibliografia
\usepackage{multibib}
\usepackage[authoryear, super, compress]{natbib}
\bibpunct{(}{)}{;}{a}{,}{,} % required for natbib
\usepackage[font=footnotesize]{caption} % per le note
\usepackage{indentfirst} % per indentare il primo capoverso
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{euscript}
\usepackage[bottom]{footmisc}
\usepackage[Glenn]{fncychap} % per lo stile dell'intestazione dei capitoli
\usepackage[english]{varioref}
\usepackage{url}
\raggedbottom
\date{}
% altri pacchetti utili
\usepackage{verbatim}
\usepackage{numprint} % per la notazione scientifica dei numeri
\usepackage{eso-pic}
\usepackage{subfigure} % per inserire sottofigure
\usepackage{multirow} % per inserire tabelle con multi righe
\usepackage{epigraph} % per inserire epigrafi
\usepackage{booktabs} % per migliorare le tabelle
\usepackage{rotating}
% layout della pagina
\usepackage[margin=3.5cm]{geometry}
%\advance\oddsidemargin by 1truecm %margine rilegatura
\advance\baselineskip by \baselineskip
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{\thesection\ #1}}
\lhead{}
\rhead{\nouppercase{\rightmark}}
\chead{}
\cfoot{\thepage}
\lfoot{}
\rfoot{}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.4pt}%linee decorative
\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt}
\renewcommand{\captionfont}{\footnotesize \mdseries}%per le didascalie
\renewcommand{\captionlabelfont}{\footnotesize \bfseries}
% comando per eliminare il warning del pacchetto fancyheader
\setlength\headheight{13.59999pt}
% definizione del comando per l'inserimento di uno stemma nel frontespizio
\newcommand{\logo}[1]{\AddToShipoutPicture*{\AtPageCenter{\makebox(50,0){\includegraphics[width=0.6\paperwidth]{#1}}}}}
\usepackage{hyperref}%per link ipertestuali
\hypersetup{bookmarks=true,unicode=true,colorlinks=true, urlcolor=blue,linkcolor=blue,citecolor=blue,filecolor=blue}
\begin{document}
\graphicspath{{figure/}} %nome della directory in cui inserire tutte le figure
\selectlanguage{english}
\frontmatter
% \graphicspath{{figure/intro/}}
%\include{fronte} % frontespizio
\setlength{\baselineskip}{1.35\baselineskip} % 30 righe in ogni pagina
\newpage
%\dominitoc
\tableofcontents% indice
\newpage
%\include{abstract} % abstract
\mainmatter
%\include{introduzione} % Introduzione.
\graphicspath{{figure/rapporti/}}
\include{rapporti}
% \graphicspath{{figure/cap3/}}
%\include{cap3}
%\include{cap4}
%\include{cap5}
%\include{cap6}
% aggiungere eventualmente altri capitoli…
%\include{conclusioni} % conclusioni
%\include{ack} % ringraziamenti
%\appendix
%\include{grandezze}
\backmatter
% bibliografia
\addcontentsline{toc}{chapter}{Bibliography}
\bibliographystyle{plainnat} % stile della bibliografia
\bibliography{indici,libri,modelli}
% per aggiungere eventualmente un indice delle figure
% \addcontentsline{toc}{chapter}{Elenco delle figure}
% \listoffigures
% per aggiungere eventualmente un indice delle tabelle
% \addcontentsline{toc}{chapter}{Elenco delle tabelle}
% \listoftables
\end{document}`