Continuo a non capire qual è il problema. Se, come ho capito, è il fatto che lo spazio prima del titolo della sezione non è sempre lo stesso, questo dipende dal fatto che multicol cerca di equilibrare le due colonne. Se non ti piace puoi usare \raggedcolumns (ma non sono sicura sia quello che vuoi).
Comunque, guarda bene nella doc su quali parametri puoi giocare, la trovi come sempre qui:
http://texcatalogue.sarovar.org/entries/multicol.html
Ti riporto inoltre uno stralcio della descrizione del pacchetto multicol :
Multicol patches the output routine, and may clash with other packages that do the same (e.g., longtable); furthermore, there is no provision for single column floats inside a multicolumn environment, so figures and tables must be coded in-line (using, for example, the H modifier of the float package).