Non so rispondere alle tue domande (quella sulla ottimizzazione dei pdf è una questione che mi turba da tempo), però posso consigliarti qualcosa.
Come prima prova, salva il grafico in eps (postscript livello 3 e senza anteprima, se possibile). Poi prova a convertire l’eps così ottenuto con il famoso epstopdf e vedi se il pdf ha una dimensione ragionevole.
Un’altra possibilità è quella di salvare in png (possibilmente monocromatico se non hai bisogno di colori), usando una risoluzione di 300 o 600 dpi e poi comprimendo al massimo il png così ottenuto con lo strumento optipng (cerca su internet).
(Se non hai la possibilità di salvare in monocromatico, apri il png con Gimp e vai su Image/Mode/Indexed… e poi scegli monocromatico)
Questo è il massimo che posso fare!
Ciao ciao.
Fra