Grazie, ho ripristinato il file .sty e ho fatto come mi hai detto.
A dire il vero ci avevo provato anche prima ma stupidamente avevo aggiunto la riga `\usepackage{natbib}` dopo `\usepackage{classicthesis-ldpkg}` Ovviamente non funzionava…
Se qualcuno avesse idea per i numeri dei capitoli… sempre che sia chiaro il mio problema (rileggendolo ora mi rendo conto di essere stato un po’ “contorto”) 