Con il pacchetto subfig si può usare il comando \ContinuedFloat per prolungare una figura su più pagine.
Il problema maggiore sembra essere la numerazione dei subfloat. Se si usa un’etichetta di tipo letterale (a), (b), (c),… non si possono inserire più di 26 subfloat altrimenti si riceve un errore del tipo “too large number”.
Ho risolto il problema evitando di utilizzare le etichette automatiche con il comando \captionsetup[subfigure]{labelformat=empty} dopo \begin{figure} e aggiungendole poi manualmente.
La soluzione più elegante sarebbe però quella di introdurre 3 contatori diversi da utilizzare per le etichette delle tre serie di figure, ma sembra essere un po’ più complicato.
Vorrei 3 etichette diverse perché le immagini appartengono a tre serie diverse di acquisizioni con telecamera veloce che accosto per un confronto.