Premesso che non uso Aquamacs ma Carbon Emacs Package, per associare Skim ai pdf ho aggiunto le seguenti righe al file .emacs:`(add-hook 'TeX-mode-hook
(lambda ()
(add-to-list 'TeX-output-view-style
'(“^pdf$” “.”
“/Applications/Skim.app/Contents/SharedSupport/displayline %n %o %b”))))`
Per il punto 2 non posso aiutarti perché non riesco a riprodurre il problema, questo documento minimale produce un collegamento perfettamente funzionante.
`\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{Prova}
\label{sec:prova}
\lipsum[1-6]
\section{Altra Prova}
\label{sec:altra}
Come scritto in \ref{sec:prova}…
\end{document}`
L’unica differenza rispetto alla tua configurazione è la versione di Emacs.
Ciao
Matteo