Effettivamente, se hai questo problema probabilmente devi rinunciare a pgfplots.
Ironicamente, ciò che sembra assurdo a te potrebbe essere una questione irrilevante per altri.
Dal mio punto di vista, prima di ‘congelare’ un grafico in uno dei miei documenti, ne controllo:
1. innanzitutto l’aspetto (ad esempio, se la curva è quella corretta),
2. poi (e non è una questione minore) la corretta proporzione tra l’altezza e la larghezza e allo stesso tempo le scale degli assi.
Non credo si possa prescindere da questi controlli.
Inoltre, ritengo che ciò non contrasti con la filosofia diffusa tra noi utilizzatori di LaTeX, cioè quella che ci spinge a prestare attenzione, e di conseguenza a curare i minimi dettagli dei nostri documenti. Cosa che non si può demandare all’ultima parola di una procedura automatica.
Ciao,
Agostino