scusa, ecco un sempio (quasi)minimo compilabile, anche un pò più esplicativo del problema:
\documentclass[b5paper,11pt,fleqn]{book}
\usepackage[italian,english]{babel}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\usepackage{booktabs}
\usepackage[font=footnotesize,isu,bf,nooneline]{caption}
\setlength{\captionmargin}{0.05\columnwidth}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{ltablex}\captionsetup
{position=top}
\begin{document}
\frontmatter\cleardoublepage
\listoftables
\addcontentsline{toc}{chapter}{List of Tables}
\markboth{\MakeUppercase{List of Tables}}%
{\MakeUppercase{}}\mainmatter
\keepXColumns
\begin{table}[tb]\footnotesize
\caption{bla bla}
\label{tab:prova}
\centering
\begin{tabularx}{0.9\columnwidth}{l c
>{\centering\arraybackslash}X}
\hline
\rowcolor[gray]{0.85}
A & B & C \\
\hline
1 & 2 & 3\\
\hline
\end{tabularx}
\end{table}\keepXColumns
\begin{table}[tb]\footnotesize
\caption{bla bla 2}
\label{tab:prova2}
\centering
\begin{tabularx}{0.9\columnwidth}{l c
>{\centering\arraybackslash}X}
\hline
\rowcolor[gray]{0.85}
D & E & F \\
\hline
1 & 2 & 3\\
\hline
\end{tabularx}
\end{table}\backmatter
\end{document}
Il problema è che ltablex trasforma tabularx in longtable che vuole la didascalia dentro l’ambiente longtable.
Non vedo motivo di usare ltablex, sinceramente.
Ciao
Enrico