Siccome YAP è il visualizzatore distribuito insieme a MiKTeX, il problema non risiede in WinEdt, ma nella distribuzione MiKTeX, oppure in un errore di compilazione del file DVI.
Cerca un file DVI sul tuto disco che YAP apriva; cliccaci sopra e vedi se YAP lo apre, se sì,, vuol dire che i file che non ti apre contengono dei grossi errori dovuti al compilatore latex (mi parrebbe strano, ma non è impossibile); in questo caso reinstalla completamante MiKTeX incrociando le dita. Se i problemi si ripresentano con una installazione nuova. lascia perdere MiKTeX (lo dico molto tristemente, visto che sono stato uno dei primi sostenitori dei MiKTeX da una quindicina di anni) e installa TeXlive scaricano, se non disponi del disco distribuito ai soci di GuIT e/o di TUG) da CTAN l’installer.
Poi usa come visualizzatore dei file DVI qualcosa di diverso da YAP ma che funzioni sulle macchine Windows.
Non lasciare perdere però i consigli che ti sono stati dati di compilare direttamante con pdflatex.
I file eps di cui disponi possono venire tutti convertiti in formato PDF semplicemente dando dalla linea di comando il comando epstopdf non file per file ma con il nome sostituito dall’asterisco; dovrebbe essere in grado di farlo su tutti i file eps presenti in una cartella; leggi bene le istruzioni di epstopdf che dovrebbe far parte degli eseguibili distribuiti insieme a MiKTeX; inoltre nei tuoi vecchi file isa il comando \includegraphics senza specificare l’estensione; se compili con latex esso cerca automaticamente i file eps, se compili con pdflatex esso cerca automaticamente i file pdf, o jpg, o png.
Con una versione sufficientemente moderna del sistema TeX (MiKTeX 2.8 dovrebbe esserlo, come TeXlive almeno 2009) esistono diversi pacchetti che, abilitalo lo shell escape (-enable-write18 o qualcosa del genere per MiKTeX e una cosa simile per TL; consulta la documentazione), ti consentono di compilare tutto con pdflatex il quale provvede da solo a convertire i file eps in formato pdf se, appunto è abilitato lo shell escape o write18 che dir si voglia. Nell’introduzione all’arte qua sopra è spiegato il tutto e c’è anche un esempio.