Ovviamente, con questo preambolo non mi dà messaggi d’errore…. Avevo inserito \tableofcontents in varie parti del testo per provare (dopo \begin{document}), ma invano.
Il pacchetto index è incompatibile con le classi AMS. C’è scritto nella documentazione a pagina 4.
Se hai bisogno di indici analitici multipli, puoi usare imakeidx che non dovrebbe essere incompatibile con le classi AMS (ma non è nella TeX Live 2009) oppure multind. Ma a quanto capisco ti serve un solo indice analitico, quindi makeidx dovrebbe essere sufficiente; naturalmente non ha tutto quello che fa index.
È una pessima idea quella di usare il pacchetto times per un lavoro in cui ci siano formule matematiche. Puoi provare con mathptmx, ma il risultato è solo poco meno indecente che con “times”. Altrimenti c’è txfonts, già meglio.
Ciao
Enrico