Non ho idea di che cosa faccia il pacchetto hyphenat e non voglio nemmeno saperlo, visto che probabilmente è superfluo.
Stigmatizzo la riga
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\hyphenation{Manager ges-to-re}
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Non vuoi dividere in sillabe Manager? benissimo, ma perché vuoi dividere gestore in ges-to-re; gestore è una parola italiana; non mi risulta presente in nessuna delle lingue che conosco bene o meno bene, alcune male (una dozzina); in italiano il programma di divisione divide magnificamente e correttamente gestore in ge-sto-re.
Metti prima l’inclusione di macros e poi quella di formats; in ogni caso toglili dall’argomento di \includeonly, e includili con il normale comando \input
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\input{macros}
\input{format}
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spero che in format ci sia fra l’altro la chiamata del pacchetto babel con l’opzione italian, altrimenti come fai a scrivere una tesi in italiano?
Poi metti il comando ‘label dopo \caption: tu scirvi:
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\label{middlewareCore}
\caption{Architettura di NMM}
`
Invece va scritto:
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\caption{Architettura di NMM}
\label{middlewareCore}
`
altrimenti il \label non può riferirsi al numero che \caption attribuisce alla figura.