Grazie per la risposta,
effettivamente rileggendo la documentazione di TOPtesi, ho aggiunto il file con il profilo di colore, modificato pdfx.sty, e rinominato glyphtounicode-cmr.tex in glyphtounicode.tex. Ora il primo problema è risolto.
Tuttavia ho dovuta anche modificare il fuso orario nelle impostazioni dell’ora del sistema operativo a GMT+1. Infatti per motivi a me totalmente oscuri, con il fuso impostato a GMT-7 (mi trovo in Canada attualmente), il compilatore restituisce l’errore legato a \geTZh di cui parlo sopra.
Per quanto riguarda il secondo problema, anche solo compilando il seguente file
`\documentclass[12pt,twoside,pdfa]{toptesi}
\begin{document}
Prova
\end{document}
`
in cui non ci sono dichiarazioni di capitoli o sezioni ottengo numerosi warnings del tipo
`Package hyperref Warning: Token not allowed in a PDF string (PDFDocEncoding):`
Non capisco il perché.
Grazie,
Nicola