Non voglio rispondere al posto di Clark kent; rispondo a nome mio.
Io preferisco usare la codifica di entrata latin1 perché ci posso fare qualunque cosa, mentre con la utf8, per esempio, uno si abitua ad usare i caratteri NON ASCII e poi si scontra con i problemi che hai incontrato tu.
Però la codifica utf8 è ottima quando si fa lavoro collaborativo; con i vecchi Mac, e a quanto vedo anche con i nuovi, ci sono persone che continuano ad usare la vecchia codifica applemac; si windows bisognerebbe usare la codifica ansinew, su linux la codifca migliore era la latin1 oppure la latin9 (che consentiva l’uso dell’euro).
Con al utf8 si tagli la testa al toro e si usa tutti la stesa codifica. Questo è il grande vantaggio della codifica unificata (UNICODE).
Naturalmente per poterla usare bisogna che lo shelle editor di tutti i collaboratori sia impostato per usarla e specialmente sia capace di usarla. A me per esempio, non mi risulta che il prodigioso editor WinEdt per Windows a 32 bit sia ancora in grado di usare utf8; probabilmente la prossima release, ma ancora non c’è. Kile per Linux la poteva usare già 5 anni fa o forse più, quando ancora non era disponibile il file di definizioni per LaTeX (quello da chiamare con \usepackage[utf8]{inputenc}).
Ecco perché continuo ad usare latin1 e lo consiglio; tutto sommato non è nemmeno tanto differente da ansinew, ma è sostanzialmente differente da applemac. La probabilità di incontrare un collaboratore che lavora con Mac e non sappia scegliere la codifica giusta è bassa.
Tuttavia il fatto che mi lascia indifferente, sostanzialmente, su queste cose è che io da quando ho avuto un PC sotto le mani, circa 30 anni fa, ho sempre voluto la tastiera USA, mai quella italiana, anche se talvolta sul lavoro o coi familiari ho dovuto adattarmi, ma non mi sono mai adattato sulle mie macchine personali.
Ripeto in input non c’è nessun vantaggio ad usare una codifica piuttosto di un’altra, se e solo se si fa del lavoro individuale. Se si collabora con altri, il problema nasce e utf8 lo risolve, talvolta, e talvolta no per difetti di software/hardware/firmaware aggiornato.