Una cosa è certa: se il file logo ti dice che sta prendendo i suoi file da
/usr/share/texmf-texlive/…
quella è la posizione che l’installazione della versione nativa di Ubunto ha nel disco,, mentre la versione del DVD ha i suoi file in
/usr/local/texlive/2009/textmf-dist/…
Quindi se l’errore è lo stesso, immagino, che una versione “vergine” di Unbutu installi comunque la versione base di TeXLive.
So che è possibile avere due diverse versioni di TeXLive sulla propria macchina, ma si hanno sempre dei problemi. Solo che sulle piattaforme Debian come Ubuntu, o tu installi la versione nativa, oppure non puoi usare tutta una serie di altri programmi che il gestore di pacchetti apt-get fa dipendere dalla versione nativa.
Temo che la soluzione sia quella di non installare TeXLive da DVD, ma installare una versione full da Ubuntu. Poi eventualmente usare il DVD o l’archivio CTAN per aggiornare installandoli a mano i pacchetti un po’ sorpassati.