Se eliminni le didascalie e i label quel \bigskip agisce sotto (a destra) della seconda tabella e quindi le due tabelle mancano di adeguata spaziatura,
Sostituisci quel \bigskip con \vspace*{2\bigskipamount}.
Il messaggio relativo alla riga 280 a me non viene perché il mio file di prova è solo di un centinaio di righe.
Lo so che le due tabelle continuano ad essere un po’ grandine; quel messaggio dice che il float che contiene le due tabelle è troppo alto di 12pt per stare tutto dentro alla pagina, non tanto per la larghezza, che è nascosta dal \makebox, quanto per l’altezza che corrispondenalla larghezza delle tabelle prima della rotazione. Certo puoi ancora inserire un \resizebox dell’intera \parbox cercando una frazione di \textheight come 0.95, per rimpicciolire ancora il tutto di una percentuale minima, ma direi che potresti ignorare il messaggio; 12 punti sono circa 4mm, una quantità che sull’altezza della pagina non si nota.