Mentre l’appellativo prof. (rigorosamente in minuscolo) può essere abbreviato se seguito dal nome proprio del professore in questione, la parola Chiarissimo, da usarsi solo nella formula di apertura di una missiva, non va abbreviato, nemmeno se seguito da prof. e dal nome del professore. Lo stesso vale per il Magnifico Rettore (maiuscolo se isolato, minuscolo se seguito dal nome) e l’Amplissimo Preside (minuscolo se seguito dal nome. Ovviamante La prima parola di queste locuzioni va comunque maiuscola se si trova all’inzio di un periodo.
Queste non sono regole scritte, o se lo sono, non saprei indicare una fonte. Sono quello che io penso si debba fare secondo educazione, evitando il burocratese (Ch.mo e Chiar.mo ne sono due esempi). È una questione di registro del discorso. Poi, si sa, è una questione di gusti, e non passeranno cinque minuti prima che io sia smentito.
Generalmente per la bibliografia si preferisce l’ordinamento alfabetico, specialmente se la bibliografia è abbastanza consistente, ma per lo più dipende dal tipo di citazione. Se citi col metodo autore-anno certamente devi usare l’ordinamento alfabetico; se citi per numero (come si fa per esempio nelle IEEE Transactions) allora non ha molta importanza, perché nella lista bibliografica cerchi il numero, non l’autore. Però non guasterebbe l’ordinamento alfabetico. In una tesi, anche citando per numero, io userei l’ordinamento alfabetico.
Gli indici servono per navigare nel testo, per trovare rapidamente quello che uno cerca. L’indice (generale) direi che in una tesi sia assolutamente necessario e fatto almeno fino al livello delle sezioni.
L’indice analitico dipendo molto dal tipo di tesi e dal tempo di cui si dispone.
In una tesi compilativa, dove verosimilmente si parla di molti argomenti, l’indice analitico limitato a non troppe voci, potrebbe starci bene; in una tesi di progetto o sperimentale non direi che sia il caso, invece un glossario dei termini usati non guasterebbe; in una tesi teorica, dove si definiscono e si parla di molte entità usando nomi che non necessariamente hanno il loro significato ordinario, un glossario ci starebbe benissimo; oppure un indice analitico che punti solo alla pagina in cui il termine è definito, e non a tutte le pagine in cui esso è usato in modo non banale.
Nota che un glossario dei termini usati non è necessariamente un indice analitico, ma vi assomiglia al punto che la tecnica usata per ordinare il glossario con LaTeX è la stessa.
Predisporre un indice analitico molto esteso e a diversi livelli richiede un tempo spropositato; se ci pensi per la tesi, dimenticatene, a meno che non si tratti di un indice analitico con un numero di voci che non superano una pagina o une pagina e mezza.